《毒枭:墨西哥》第二季继续讲述米格尔·安吉尔·费利兹·加拉多的故事。他现在是墨西哥最大的贩毒集团(瓜达拉哈拉贩毒集团)的教父。他一直试图保持对所有力量的控制，发展他的帝国，并不断调和他在成为教父的道路上所面临的背叛和牺牲。随着不同贩毒集团之间的摩擦加剧，费利克斯对局势的控制也减弱了。与此同时，贩毒集团的血债(缉毒机构特工琪琪·卡马雷纳之死)和腐败的政客在墨西哥引发了一系列报复。由缉毒局特工沃尔特·布雷斯林领导的雷纳达行动并不总是像往常一样进行，而是针对费利兹·加拉多和他的心腹，进一步导致贩毒集团的不稳定和不稳定。