日本战国时期，属于不同名称的忍者团也在暗中较劲。一个月难得一见的夜晚，泰(三元亚云)、钱内(柏老大)和老鼠等人在执行刺探任务时不小心与对手相撞，突然一个巨大的火球飘过天空，让所有人大吃一惊。回到村子后，泰在领导的指示下，前往森林探索火球的真相。在路上，他们遇到了同一个学校的林琳(肘井美佳)和他的同伴。结果在密林中，伊加忍者遭到不明生物的攻击。对方速度快，杀伤力大，忍者一个接一个被杀。《马也记》、《内经》、《林绫》等人侥幸逃脱，却不知道外星人正在疯狂繁殖。一时间，伊加村中毒，马也台也面临前所未有的挑战...