几年前，人类在南极用超级战舰“鸿天”打败了“小次郎”，将“小次郎”封印在地下。但是除了“地支”，地球上还有很多怪物，盯上了人类的每一个主要城市。于是，人类成立了“地球防御部”来应对各种怪兽的入侵。地球防卫部最强大的成员是“轰天”号，它封住了戈吉拉和它的船长“道格拉斯·戈登上校”。此外，为了应对怪物带来的麻烦，地球防卫部专门挑选了具有特殊能力的人类。这些“超级人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，以至于这些人类比普通人拥有更强的体能和敏捷度来应对怪物的攻击，其中最好的就是“小崎健一”。不久前，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，这个怪物具有机械和生物的性质。怀疑能把生物和机械结合的怪物应该来自外太空。不久，新一小崎收到了婴儿岛的警告，一个被魔斯拉封印的怪物，盖刚的出现代表了人类的危机。在盖刚出土后不久，世界各地突然同时遭到怪物袭击，让地球防卫部忙了一阵子。但是神秘的飞行器突然出现了，但是这些怪物都被带走了。这些自称“X星人”的外星来客，宣称自己是人类的朋友，想要与人类建立联盟，甚至宣称一颗巨大的星球即将撞击地球。然而，在小崎和道格拉斯的调查下，发现并没有神秘的行星撞击地球。而那些怪物根本就是外星人入侵地球释放出来的，X星人根本就是想把人类当饭吃。虽然外星人的真面目已经暴露，但是外星人有着不可思议的超能力，还有服从他们的巨大怪物。地球防卫军终于全军覆没，只剩下还活着的航天兵。这时，道格拉斯想出了一个大胆的计划，那就是解开南极洲果戈拉的封印，让地球上最强大的怪物果戈拉面对这些外星入侵者....